Հաղպատում պեղումների ժամանակ հայտնաբերվել են բրոնզի դարի բազմաթիվ գտածոներ, իսկ Դեբեդ գետը վկայում է, որ այս վայրերը մարդու կողմից բնակեցված են եղել դեռևս հին քարի դարում։ Հաղպատի եկեղեցին կառուցվել է չորրորդ դարում: Ենթադրվում է, որ հաղպատի վանքը կառուցվել է Աբաս Բագրատունու օրոք (929-953թթ.), չնայած այն փաստի, որ համալիրի գլխավոր և հնագույն եկեղեցու կառուցումը սկսվել է 976թ.-ին և ավարտվել է 991թ.ին՝ Աշոտ Գ Ողորմածի գահակալման ժամանակ: Արդեն 13-րդ դարի կեսերին Հաղպատը Հայաստանի նշանավոր կրթության և հոգևոր-մշակութային կենտրոններից էր:
11-րդ դ. կեսից Հաղպատը Լոռու հոգևոր թեմի աթոռանիստն էր և մրցակցում էր Սանահինի եղբայր-վանքի հետ։ Մոնղոլական արշավանքների նախօրեին Հաղպատի վանահայր Հովհաննես Մածնաբերդցին մոտակայքում Կայան (Ակներ) բերդը կառուցեց, իսկ նրա զարմիկ Շահնշահ իշխանը, ում հայրը Սանահինում էր թաղված, բերդը հողին հավասարեցրեց։ Մոնղոլներն ասպատակեցին ու թալանեցին և Հաղպատի և Սանահինի վանքերը։